YuriyLin / PaperRead

# PaperRead
 從研究探索到論文精讀的個人研究工作區 
 以繁體中文介面閱讀論文、整理候選清單、規劃閱讀路徑，並保留可回到原文核對的研究脈絡。
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 English 
PaperRead 是以 EasyRead 為基礎整理的個人研究工具。它保留原有的 PDF 排版、雙語閱讀、原文定位、批註與 AI 對話能力，再加入研究探索和閱讀規劃流程，讓「找到論文」與「真正讀懂論文」接在同一個工作區裡。
## 這個版本和上游 EasyRead 的差異
| 面向 | PaperRead 的調整 |
|---|---|
| 介面語言 | 預設使用 `zh-TW`，介面用語根據臺灣語境做調整，例如「設定、匯入、匯出、儲存、資料夾、候選清單」。英文技術名詞與論文術語保留原文。 |
| 品牌與桌面程式 | 使用 PaperRead 名稱、新版標誌及 `YuriyLin` 發行者中繼資料；安裝檔為 `PaperRead-Setup-x.x.x.exe`。 |
| 論文閱讀 | 延續原文／譯文對照、公式、PDF 頁面定位、螢光筆、筆記、問 AI、模型切換和 token 使用量記錄。 |
| 研究流程 | 新增「研究探索、閱讀看板、候選清單、已整理摘要、閱讀路徑」工作區；閱讀路徑支援地圖／清單切換、引用關係與背景分析通知。 |
| 快速檢視 | 看板卡片可開啟 Quick Peek 抽屜，查看概覽、摘要、最近筆記、劃線與最近問題，並直接修改狀態、分類與星標。 |
| Obsidian 知識庫 | 摘要、論文分析、閱讀標註、心智圖與跨論文比較可直接匯入 Vault，使用穩定 ID、來源證據與 WikiLinks 持續累積。 |
| Linux／Docker 相容性 | 修正 Docker 版 Linux Firefox 閱讀器導覽按鈕與段落工具列操作，並改善 macOS 打包版研究資料查詢的憑證處理。 |
| 研究視覺化 | 可根據目前論文內容產生繁體中文 Mermaid 心智圖，協助理解研究問題、方法、發現、貢獻與限制。 |
| 智慧標註 | 可依全文、章節或研究目的產生 AI 標註建議；接受前先逐筆審閱，不會覆蓋手動標註。 |
| 影像與表格 | 論文圖片和表格保留版面佔位，直接回到原 PDF 檢視；不把裁切結果硬塞進譯文排版。 |
| 資料相容性 | 使用者資料遷移至 `PaperRead` 資料夾；Python package、CLI、舊資料格式與 `easyread://` 連結協定仍保留相容層。 |
## 主要工作流程
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這些狀態彼此分開：搜尋結果不等於候選論文，候選論文不等於已整理摘要，也不會因為加入候選就自動加入閱讀看板。
## 研究探索
研究探索是 PaperRead 的研究入口，提供兩種搜尋方式：
### 主題搜尋
輸入研究概念或問題，例如：
- `Long Video Understanding`
- `Vision-Language Models`
- `3D Scene Understanding`
PaperRead 會先取得可用的公開書目資料，再顯示標題、作者、年份、摘要、來源、DOI、引用資訊和 PDF 可用性。搜尋結果會標示資料來源，缺少的欄位顯示「未提供」，不把缺漏資料當成零。
### 會議／期刊搜尋
可一次輸入一個或多個出版來源，例如：
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PaperRead 會依來源拆分查詢，支援常見的學術會議與期刊。結果會保留出版來源、DOI 和可查證連結，並區分正式出版資料與預印本；搜尋結果中的會議名稱不會被直接當成正式發表證明。
目前探索資料主要使用 OpenAlex，會議／期刊書目查詢也可使用 DBLP 與 Crossref 補充。服務限流或網路中斷時會保留既有結果並提供重試，不會把「服務失敗」誤顯示成「沒有論文」。
每張論文卡片只保留研究探索階段需要的操作：
- **加入候選**：先儲存論文，不會立刻生成摘要或下載 PDF。
- **論文來源**：開啟可查證的出版頁、DOI 或來源連結。
## 閱讀看板
閱讀看板是研究探索頁面的主要工作區。論文可以拖曳到不同狀態列位，狀態由使用者決定，不會因為開啟 PDF 或讀到最後一頁而自動改變。
預設狀態包含：
- 待閱讀
- 閱讀中
- 待整理
- 已完成
閱讀進度百分比獨立顯示，只代表閱讀位置，不代表已經理解或完成筆記。看板支援分類、PDF 可用性、感興趣標記與手動優先順序篩選；首頁、閱讀器研究面板和看板的星標會同步。
加入閱讀看板時，分類使用可複選的分類卡片，不需要使用鍵盤搭配下拉選單。一次可以將論文放入多個研究方向；沒有分類時也可以先加入看板，之後再整理。
點擊卡片空白處會從右側開啟 **Quick Peek**，不離開看板即可查看完整書目、摘要、分類、閱讀狀態、星標、進度與來源資訊。閱讀紀錄區會分開顯示最近筆記、劃線與最近問題；點擊紀錄可回到閱讀器對應段落。抽屜底部提供上一篇、下一篇與繼續閱讀，背景更新時會保留目前的論文與捲動位置。
## 候選清單
候選清單用來儲存「值得之後研究」的論文。它會跨頁面保留，與閱讀看板及已整理摘要分開管理。
加入候選後，PaperRead 會在背景批次整理來源摘要。一次加入多篇時會排入佇列，避免同時傳送大量請求。你仍然可以自行決定：
1. 檢視候選論文。
2. 移除不再需要的論文。
3. 對個別論文重新整理摘要。
4. 檢視 Markdown 摘要。
5. 使用「匯出摘要」儲存檔案。
6. 將選定論文加入閱讀看板。
候選論文不會自動變成已讀，也不會自動覆蓋你的正式筆記。
## 已整理摘要
已整理摘要會獨立儲存，即使論文之後移出候選清單，摘要仍可保留。摘要內容以 Markdown 儲存並使用與筆記一致的安全渲染方式，支援：
- 標題與副標題
- 粗體、斜體
- 有序與無序清單
- 程式碼區塊
- 表格
- 系統已支援的數學公式
主要操作順序是：
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摘要由模型根據實際取得的論文資料產生；缺少的來源資訊會標示「未提供」，不捏造研究結果或出版資訊。
摘要可直接匯入已設定的 Obsidian Vault，檔案會寫入 `Research/05-論文摘要`，使用英文論文名作為受限制長度的檔名，不額外建立子資料夾。下載時，單一項目輸出 Markdown，多個項目輸出包含完整資料夾結構的 ZIP。
## 閱讀路徑
閱讀路徑可以從研究主題或指定論文開始。例如：
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PaperRead 會依目前可取得的論文資料，將推薦結果整理成有順序的路徑。每篇論文會附上：
- 閱讀順序
- 閱讀角色，例如基礎入門、方法理解、代表性研究、延伸探索或前沿研究
- 推薦理由
- 與主題或起點論文的關聯
- 年份與出版來源（可取得時）
AI 只能重組已查詢到的論文資料，不能自行新增不存在的論文。資料不足時會明確說明，基礎搜尋與看板功能也不會因 AI 不可用而停止。
產生後可在地圖／清單之間切換，使用縮放、平移、節點選取與提前／延後調整閱讀順序。虛線箭頭表示建議閱讀順序，實線箭頭表示目前路徑內可由 OpenAlex 確認的引用關係。閱讀路徑與